Als Vorbereitung zur Legionellenprüfung ist jeweils ein abflammbarer Hahn am Warmwasserausgang und am  Zirkulationsrücklauf zu installieren. Alle geforderten Probenahmestellen sind im Routinebetrieb und an einem Kalendertag zu entnehmen. Die Durchführung der Probenahme zur Legionellenprüfung wird in der Trinkwasserverordnung Anlage 4 Teil II b beschrieben und nach Zweck b der  DIN EN ISO 19458 ausgeführt.

1. Die Abnahmestelle durch Abflammen oder andere Maßnahmen desinfizieren.

2. Öffnen der Entnahmearmatur, Ablauf von 1 Liter Trinkwasser in einem Messbecher und Verwerfen des Wassers.

3. Befüllen des des Probebehälters ohne schließen und erneutes wiederöffnen der Entnahmearmatur. Es darf die Wassermenge von 1 Liter vor der Probenahme für die Untersuchung von Legionellen nicht überschritten werden.

4. Temperatur der Probenahme messen.

5. Konstante Temperatur messen.

Eine korrekt durchgeführte Probenahme bildet die Voraussetzung für eine einwandfreie Wasseruntersuchung. Die Entnahme der Wasserprobe versteht sich als ein wichtiger Bestandteil des gesamten Analysenverfahrens. Fehler, die bereits an dieser Stelle gemacht werden, können ggf. auch mit einer noch so ausgefeilten Analytik einschließlich komplexer instrumenteller Techniken nicht mehr korrigiert werden. Um Fehler zu vermeiden, ist es daher wichtig, dass die Entnahme dem jeweiligen Untersuchungszweck und den örtlichen Verhältnissen genau angepasst wird.